Kereta api merupakan sarana transportasi yang semakin diperlukan dalam upaya peningkatan keramahan lingkungan dikarenakan baiknya rasio nilai bahan bakar yang digunakan pada moda transportasi ini terhadap jumlah penumpangnya. Dalam rangka mewujudkan penyelenggaraan perkeretaapian nasional Pemerintah merujuk pada Rencana Induk Perkeretaapian Nasional (RIPNas). Dimana berdasarkan data RIPNas, pangsa pasar angkutan penumpang kereta api saat ini masih relatif rendah, yaitu sekitar 7% dari angkutan keseluruhan moda transportasi. Dimana target RIPNas sendiri per tahun 2030 agar pangsa pasar penumpang KA setidaknya mencapai 11-13%.
Dalam proses penyusunan IKN belum terakomodir adanya pembangunan kereta penumpang pada wilayah IKN, karena kekhususannya Rencana Induk IKN tertuang dalam Peraturan Presiden Nomor 63 Tahun 2022. Pembangunan KA di IKN sendiri termaktum dalam Peraturan Presiden Nomor 64 Tahun 2022 tentang Rencana Tata Ruang Kawasan Strategis Nasional Ibu Kota Nusantara Tahun 2022-2042. Dimana , jalur kereta api di IKN dibangun untuk mengembangkan interkoneksi dengan sistem jaringan jalur wilayah nasional, Pulau Kalimantan, Provinsi Kalimantan Timur, dan antarwilayah dalam IKN.
Rencana Jalur Kereta Antar Kota (Berdasarkan Perpres 64 Tahun 2022)
Pasal 44 ayat (3) Perpres 64 th 2022 menyebutkan, jaringan jalur kereta api umum akan dibangun meliputi jaringan jalur kereta api antarkota dan perkotaan. Jalur kereta api menuju Bandara Sultan Aji Muhammad Sulaiman Sepinggan merupakan jalur kereta api antarkota. Jaringan kereta api antarkota yang menghubungkan [Wilayah Perencanaan Kawasan Inti Pusat Pemerintahan] WP KIPP – WP IKN Barat – WP IKN Timur 1 – Sp. Samboja – Karang Joang – Bandara Sultan Aji Muhammad Sulaiman. Selain itu, jalur kereta api antarkota turut dibangun meliputi Banjarmasin – Pantai Lango – Karang Joang – Sp. Samboja – Samarinda
Rencana Jalur Kereta Kawasan Perkotaan (Berdasarkan Perpres 64 Tahun 2022)
Pada pasal 44 ayat 6 Perpres 64 th 2022, disebutkan terkait Jaringan jalur kereta api perkotaan yang akan dikembangkan untuk mewujudkan konektivitas antar pusat kegiatan di dalam kawasan IKN yang dilaksanakan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Adapun trase kereta api yang akan dibangun untuk wilayah perkotaan kawasan IKN Nusantara yakni; menghubungkan WP KIPP-WP; IKN Barat-WP; IKN Timur 1-W; IKN Timur 2-WP IKN Utara. Kemudian, WP IKN Barat-WP IKN Timur 2
Rencana Pembangunan Prasarana (Berdasarkan Perpres 64 Tahun 2022)
Adapun prasarana lain yang akan dibangun selama masa Pembangunan IKN berdasarkan Perpres 64 th 2022 adalah; Pembangunan 14 stasiun penumpang dan empat stasiun depo. Pembangunan 14 stasiun kereta api penumpang akan dibagi menjadi dua kategori yakni stasiun untuk penumpang antarkota dan perkotaan. Untuk penumpang kereta api antarkota, terdapat tiga stasiun yang akan dibangun yaitu Stasiun Sentral Bumi Harapan di WP KIPP;Stasiun Sentral Sepaku di WP IKN Barat; dan Stasiun Simpang Tengin Baru di WP IKN Timur 1.
Kemudian, 11 stasiun lainnya akan melayani penumpang perkotaan yakni Stasiun Bumi Harapan di WP KIPP; Stasiun Pemaluan di WP KIPP; Stasiun Bumi Harapan 2 di WP IKN Barat; Stasiun Karang Jinawi 1 di WP IKN Barat; Stasiun Sepaku di WP IKN Barat; Stasiun Karang Jinawi 2 di WP IKN Timur 1; Stasiun Sukaraja di WP IKN Timur 1; Stasiun Tengin Baru di WP IKN Timur 1; Stasiun Karang Jinawi 3 di WP IKN Timur 2; Stasiun Sukaraja 2 di WP IKN Timur 2; dan Stasiun Sungai Payang di WP IKN Utara.
Saat ini Direktorat Jenderal Perkeretaapian tengah mengkaji trase yang akan dibangun di IKN sekaligus membuat Dokumen Identifikasi dan OBC untuk pembangunan Kereta di IKN. Merujuk pada perpres yang ada, pembangunan KA IKN ini diharapkan dapat beroperasi paling cepat pada tahun 2029 (untuk KA Bandara Sepinggan – IKN)